「本科教室」と呼ばれる授業の前期は2月から、後期は9月から始まる。「日能研独自のテキストを使った本科授業によって子供たちの知的好奇心を呼び起こさせる」というポリシーのもと、予習は奨励されない。4・5年生では1週おきに、6年生ではほぼ毎週「カリキュラムテスト」(通称:カリテ)という復習テストが実施され、学んだ内容の定着が図られる。
また6年生はカリキュラムテストの際、日能研入試問題研究特別講座、通称「日特」が行われ、更に成績のかなり上位の者だけが「選抜日特」として、男女それぞれの上位志望校に合わせた別カリキュラムが組まれる。ちなみに、人数の少ないところでは選抜日特以外にはクラス分けはなく、上位クラスから下位クラスまで合同授業となる。
小学校休業中(春休み、夏休み、冬休み)にはそれぞれ春期講習、夏期講習、冬期講習が実施され、問題演習と解説中心の授業が行われる。また、安全上なるべく時間通りに生徒を帰せるようにしている。
中学入試に必要な学習内容を6年生の前期終了までにひととおり履修し、6年生後期では入試本番に向けて実践的な内容の授業が行われる。6年生後期になると授業がテスト形式になる。
2年生の後期から、6年生の前期まで入塾可能。入塾希望者は本科以外の講習を受講、または無料のオープンテストを受験し、それによって入塾の可否、クラスなどが決められる。
習熟度別クラス編成をとっている。年に数回(多い教室では月1回)成績による入れ替えがあり、更にクラス内でも、成績によって席替えがある(前部中央より振り分けられる)。難関校に合わせ、2科目受験のクラスなど学び方の違う数種のクラスを用意している教室もある。
1979年から始まった日能研主催の公開模試は、首都圏中学受験の三大模試の一つに数えられており、志望校への合格可能性、併願傾向をさぐるうえで貴重なデータを提供している。
2003年度より、インターネットを利用した MY NICHINOKEN という会員サービスを始め、テストの結果速報や過去入試問題のダウンロード、学校情報などを提供している。
2005年度、6年生後半実施の公開模試の名称を「中学入試センター模試」に変更した。
2005年度より、幼稚園(保育園)年長〜3年生用の「ディスカバリークラブ」という体験型勉強会および保護者向け講習会を開講。
1クラス5〜40人程度(教室・クラスにより異なる、一番上のクラスと一番下のクラスの人数が少ない傾向がある)。
6年生には、様々な学校対象の選抜コースや特訓、選抜制も存在する。
中学合格後の日能研の生徒対象の英語入門教室・数学入門教室も存在する。
毎日小学生新聞で、中学入試問題の解説・アドバイスを連載している。
講師は専任講師(社員)と時間講師(学校の先生など)が行っていて、それぞれの講師が四科目のうち一つの科目のみを担当している。大学生の講師はいない。
ステージ制をとっており、ステージTが3年生2月から1月、ステージUが4年生2月から7月、ステージVが4年生9月から5年生7月、ステージWが5年生9月から6年生7月、ステージXが6年生9月から11月。各講習と6年生12月から1月はステージに分類されない。
6年生の12月から1月は、合格力ファイナルというのが実施される。
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